12. gadsimtā Daugavas lībiešu teritorijā ieradās vācu tirgotāju kuģis. Kuģa kapelāns bija Meinards – Zēgebergas augustīniešu klostera priesteris. Viņa uzdevums bija izplatīt kristīgo ticību. 1180. gadā sākās Latvijas iedzīvotāju kristianizācija jeb pievēršana katoļu ticībai.

No 1180. gada līdz 1184. gadam Meinards uzcēla koka ēku – kapellu. Lībiešiem viņš stāstīja par kristīgo ticību, par Jēzu Kristu un Bībeli. Meinardam bija draudzīgas attiecības ar vietējiem iedzīvotājiem.

1184./1185. gada ziemā Ikšķilei uzbruka lietuviešu karaspēks. Koka ēkā no iebrucējiem nevarēja paslēpties, tāpēc Meinards kopā ar lībiešiem slēpās mežā.

Meinards nolēma būvēt mūra ēku. Lībieši solīja palīdzēt un pāriet kristīgajā ticībā. Meinards uzaicināja meistaru no Gotlandes. Viņi sāka būvēt baznīcu. Baznīcai apkārt bija arī nocietinājumi. Ienaidnieka uzbrukuma gadījumā tur varēja paslēpties. Meinards nomira 1196. gadā. Viņu apglabāja Ikšķiles baznīcā.

Ikšķiles baznīca ir piedzīvojusi daudzus karus. To postījuši poļu, zviedru un krievu karaspēki. Sv. Meinarda baznīcas drupas nolēma saglabāt, tāpēc tās iekonservēja.

1966. gadā sāka celt Rīgas HES (hidroelektrostaciju). HES ūdenskrātuves ūdeņi daļēji appludināja Sv. Meinarda salu. Baznīca palika virs ūdens. Mūsdienās uz Sv. Meinarda baznīcas drupām var aizbraukt ar laivu vai aiziet kājām. Kājām var nokļūt, ja Rīgas HES pazemina ūdens līmeni ūdenskrātuvē.